به‌منظور تصویب و اجرای آیین نامه های داخلی و و اجرای مصوبات شورای تحصیلات تکمیلی دانشگاه و نظارت بر امور مربوط به پایان‌نامه‌ها، بخش تحصیلات تکمیلی دانشگاه زیر نظر معاون آموزش و تحصیلات تکمیلی دانشگاه تشکیل شده است. برگزاری جلسات دفاع از پایان نامه های کارشناسی ارشد با هماهنگی دانشکده‌ها، پیگیری پرداخت حق الزحمه داوران پایان نامه‌ها، ارتباط با پژوهشگاه اطلاعات و مدارک علمی جهت ثبت پایان نامه‌های فارغ التحصیلان و دریافت کد رهگیری، بخشی از شرح وظایف این بخش می باشد.
شرح وظایف:
1. تدوین سیاست‌های اجرایی پایان‌نامه‌ها؛
2. تهیة گزارش‌های ادواری اعم از فعالیت استادان در امور پایان‌نامه‌ها و اعلام سقف استادان به گروه‌ها و مراحل اجرای پایان‌نامه؛
3. شرکت در جلسات شورای آموزشی دانشگاه و انجام امور اجرایی مصوبات شورا حسب مورد؛
4. ارتباط و تعامل مناسب و مداوم با معاونت آموزشی، پژوهشی و فناوری دانشگاه برای پیگیری و انجام امور مربوطه؛
5. پیشنهاد، تدوین و اجرای برنامه آموزشی (کارگاه‌های طرح نامه‌نویسی) تحصیلات تکمیلی دانشگاه؛
6. پیشنهاد اهداف و خط‌مشی پژوهشی تحصیلات تکمیلی دانشگاه به معاونت آموزشی؛
7. صدور احکام استادان راهنما، مشاور و دانشجو در ارتباط با تدوین پایان‌نامه‌ها طبق اعلام دانشکده‌ها؛
8. انجام امور مربوط به مراحل مختلف پایان‌نامه مطابق مقررات (بررسی شکلی و محتوایی)؛
9. تشکیل جلسة دفاع از پایان‌نامه و پی‌گیری‌های قبل و بعد از دفاع؛
10. پیگیری امورمربوط به پذیرش مقاله مستخرج از پایان‌نامه؛
11. ارسال پایان‌نامه نهایی (بعد از دفاع و اعمال اصلاحات و تأیید قطعی) به پژوهشگاه اطلاعات و مدارک علمی ایران؛
12. ارسال یک نسخه پایان‌نامة نهایی بعد از دفاع به کتابخانه ملی و کتابخانه دانشگاه؛
13. شرکت در کمیسیون موارد خاص و ارائة گزارش از وضعیت پژوهشی دانشجویان کارشناسی ارشد در امور پایان‌نامه؛
14. نیازسنجی اولویت‌های پژوهشی از مراکز پژوهشی سازمان؛
15. دسته‌بندی موضوعی و خلاصه‌سازی کارآمد پایان‌نامه‌های دفاع شده و ارسال نتایج آن به معاونت‌های مربوطه؛
16. پیشنهاد آیین‌نامه‌ها و ضوابط برگزاری شورای پایان‌نامه، روال اجرایی و آموزش دفاع؛
17. نیازسنجی اولویت‌های پژوهشی حوزه‌های مختلف سازمان و اعلام به دانشکده‌ها باهدف هدایت موضوعات پایان‌نامه‌ها.