اداره و نظارت بر حسن اجرای مقررات و فرآیندهای آموزشی و تحصیلات تکمیلی دانشگاه، برنامه‌ریزی امور آموزشی، پایش و ارزیابی عملکرد آموزشی دانشجویان و اعضای هیأت علمی، تهیه و ابلاغ تقویم دانشگاه و نظارت بر تنظیم برنامه‌های هفتگی دروس و ... بخشی از وظایف معاونت آموزشی و تحصیلات تکمیلی در جهت ارتقای سطح علمی دانشگاه است. در ساختار جدید دانشگاه، معاونت آموزشی و تحصیلات تکمیلی با یک مدیریت و سه بخش: (مدیریت امور آموزش، بخش برنامه‌ریزی و ارزیابی آموزشی، بخش تحصیلات تکمیلی) به ماموریت خود ادامه می‌دهد.
وظایف عمومی:
1. ابلاغ کلیه مصوبات، مقررات و آیین‌نامه‌های ابلاغی از سوی رئیس دانشگاه به واحدهای ذی‌ربط و پیگیری و نظارت بر حسن اجرای آن.
2. تدوین آئین‌نامه‌ها و دستورالعمل‌ها و دستور جلسات مرتبط با وظایف معاونت جهت پیشنهاد به مراجع ذی‌صلاح برای تصویب.
3. ارائه گزارش‌های توجیهی لازم به رئیس دانشگاه در خصوص وظایف مربوطه به واحدهای تحت نظر.
4. پیشنهاد افراد واجد شرایط برای تصدی سمت‌های مدیریتی در حوزه معاونت به ریاست دانشگاه.
5. نظارت بر واحدهای وابسته به‌منظور حصول اطمینان از حسن اجرای وظایف آن‌ها.
6. برنامه‌ریزی، تنظیم فعالیت‌ها و پیشنهاد بودجه سالیانه معاونت ذیی ربط مطابق با اولویت‌های دانشگاه.
7. همکاری با سایر معاونت‌ها جهت حسن اجرای برنامه‌های دانشگاه.
8. انجام سایر امور محوله از سوی رئیس دانشگاه
وظایف اختصاصی:
1. اداره و نظارت بر حسن اجرای کلیه سیاست‌ها، مقررات و فرآیندهای آموزش و تحصیلات تکمیلی دانشگاه، منطبق بر قوانین، مصوبات، مقررات و آیین‌نامه‌های اجرایی مربوطه با رویکرد گسترش دوره‌های تحصیلات تکمیلی.
2. برنامه‌ریزی امور آموزشی و تحصیلاتی تکمیلی با همکاری واحدهای ذیی ربط و نظارت بر حسن اجرای وظایف واحدهای وابسته و اجرای برنامه‌ها و فعالیت‌های آموزشی هر دانشکده و ارزیابی آن و ارائه گزارش لازم به هیأت رئیسه.
3. پایش و ارزیابی عملکرد آموزشی دانشجویان و اعضای هیأت علمی و مدیران آموزشی واحدهای مختلف در هر نیمسال و انعکاس آن به ریاست دانشگاه و اعلام نتیجه ارزیابی به اعضای هیأت علمی.
4. اجرای دوره‌های کوتاه‌مدت آموزشی و ضمن خدمت؛
5. برنامه‌ریزی جهت تأمین امکانات و تخصیص اعتبار لازم جهت تعامل علمی آموزشی حوزه و دانشگاه و ایجاد زمینه مناسب جهت نیل به علم دینی و علوم انسانی اسلامی.
6. برنامه‌ریزی آموزشی دانشگاه در راستای سند چشم‌انداز،
7. اهتمام به برگزاری دوره‌های توانمندسازی و دانش‌افزایی.